北京2013 发表于 2014-5-31 21:27:44

用mmpbsa.pl计算结合自由能时出错

各位前辈：
       本人最近在学习amber官网上关于用mmpbsa计算结合自由能的一个例子（http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/）。
当我做到这一步时：$AMBERHOME/bin/mm_pbsa.pl extract_coords.mmpbsa > extract_coords.log，出现了下面的出错信息：
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/local/amber10/bin/mm_pbsa.pl line 22.
Can't locate mm_pbsa_global.pm in @INC (@INC contains: /src/mm_pbsa /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.7/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.6/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.5/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.7 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.6 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.5 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.7/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.6/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.5/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.7 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6 /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.5 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at /usr/local/amber10/bin/mm_pbsa.pl line 23.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/amber10/bin/mm_pbsa.pl line 23.
这是为什么呢？实在是想不明白，求高手指点，先谢谢大家啦！

pesticide_ccnu 发表于 2014-6-4 09:41:20

我建议从安装编译方面找原因

墨竹晓风 发表于 2014-6-4 09:55:39

软件没有安装好，重新编译试试。注意配置环境。试试MMPBSA.py呢

北京2013 发表于 2014-6-4 16:32:42

pesticide_ccnu 发表于 2014-6-4 09:41 static/image/common/back.gif
我建议从安装编译方面找原因

谢谢您的回复，我也觉得可能是这方面的原因

北京2013 发表于 2014-6-4 16:43:26

墨竹晓风 发表于 2014-6-4 09:55 static/image/common/back.gif
软件没有安装好，重新编译试试。注意配置环境。试试MMPBSA.py呢

谢谢您的回复，可是我的操作是在linux系统下进行的，自己并没安装amber。我看了一下，amber10好像不可以使用MMPBSA.py，我看amber10的说明书中并无此介绍

数据挖掘 发表于 2014-6-7 12:14:38

updatedb
locatemm_pbsa_global.pm

北京2013 发表于 2014-6-7 15:02:34

数据挖掘 发表于 2014-6-7 12:14 static/image/common/back.gif
updatedb
locatemm_pbsa_global.pm

这位朋友，可否详细解释一下呢？说来惭愧，我看不懂是什么意思，求指教。。。

数据挖掘 发表于 2014-7-2 15:06:52

mm_pbsa_global.pm 看看电脑里有没有这个文件
如果有这个文件，如果有的话把他的路径放到@INC 中试试看

北京2013 发表于 2014-7-8 08:49:19

数据挖掘 发表于 2014-7-2 15:06 static/image/common/back.gif
mm_pbsa_global.pm 看看电脑里有没有这个文件
如果有这个文件，如果有的话把他的路径放到@INC 中试试看 ...

虽然这样好像也不行，但真的非常感谢你的帮忙
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