zhangmao511 发表于 2014-5-21 23:37:07

请问，怎么样生成oplsaa力场的top文件？

有一个新做的氨基酸或者小分子，想生成oplsaa力场的top文件，不知道有哪些软件工具可以用？？
因为我跑Gromacs用的是oplsaa全原子力场，试了一些软件，topolbuild,topolgen,MKTOP, 但是都出现这样那样的错误导致无法正确生成TOP文件。用oplsaa力场好悲催啊，不像Gromos力场，prodrg好强大，直接把itp,gro等等都生成出来了，兼容性也大。但是，我还是想跑oplsaa力场，oplsaa力场跑出来的更加精细，请求大侠帮助啊？？能给个生成oplsaa力场的top文件的工具吗？？

zhangmao511 发表于 2014-5-23 09:16:50

自己顶一下，怎么没人啊？？？

zhangmao511 发表于 2014-5-25 19:30:25

晕死，这个问题真的很难吗？？
自己网上翻的郁闷啊，不过终于被我找到一个用于生成oplsaa力场的top文件的工具，还把电荷给算出来了。。

墨竹晓风 发表于 2014-5-27 11:41:08

要注意力场之间的兼容性。
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