sunnyboyluan 发表于 2014-5-5 08:46:13

关于DS中的Libdock

大家好，我使用DS4.0中的Libdock对接一个小分子酶抑制剂，运行完毕后显示0pose，no ligand docked， 请问这是什么原因？请高手多多指点

blue_cat 发表于 2014-5-5 16:18:05

你看一下小分子结构有没有问题monitor一下

guoyingnba 发表于 2014-5-5 18:27:52

可能是本身小分子就不结合，或者是你site选的有问题，再扩大一下半径或者优化试试

sunnyboyluan 发表于 2014-5-6 09:31:39

blue_cat 发表于 2014-5-5 16:18 static/image/common/back.gif
你看一下小分子结构有没有问题monitor一下

小分子结构 我直接用chemdraw画的 然后用openbabel转换成了SDF格式 就直接用了 这样对吗

blue_cat 发表于 2014-5-6 10:55:44

sunnyboyluan 发表于 2014-5-6 09:31 static/image/common/back.gif
小分子结构 我直接用chemdraw画的 然后用openbabel转换成了SDF格式 就直接用了 这样对吗 ...

chemdraw画好直接复制黏贴进去就行了

iovvoi 发表于 2014-8-30 22:49:43

1、重新定义活性位点

2、调整参数，比如生成更多的构象

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