暗地纯白 发表于 2014-4-30 11:11:24

蛋白-蛋白复合物的分子动力学

小弟在用Gromacs做蛋白-蛋白复合物的分子动力学模拟，首先是通过蛋白a-蛋白b对接得到的复合物c，按Gromacs Tutorual for Drug -Enzyme Complex 做模拟，有几个问题向大侠们请教：
1、在向PRODRG2提交蛋白序列的时候，提交的是c吗？还是单独提交a和b？为什么？
2、top文件的修改有几处？
3、这个复合物与单体在gromacs运行中本质的区别是什么？
谢谢

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-1 17:15:43

师弟的思路是不对的，你可以把两者的对接复合物作为一个整体，直接做MD~，不需要按照蛋白-配体这样来处理

暗地纯白 发表于 2014-5-4 15:50:06

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-1 17:15 static/image/common/back.gif
师弟的思路是不对的，你可以把两者的对接复合物作为一个整体，直接做MD~，不需要按照蛋白-配体这样来处理 ...

可是我拿复合物整体做MD的时候提示错误了，不是这个原因吗？

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-4 15:52:36

暗地纯白 发表于 2014-5-4 15:50 static/image/common/back.gif
可是我拿复合物整体做MD的时候提示错误了，不是这个原因吗？

提示什么错误了？

暗地纯白 发表于 2014-5-4 16:08:31

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-4 15:52 static/image/common/back.gif
提示什么错误了？

运行mdrun_d -deffnm npt
之后提示错误：
File input/out error:
cannot write trajectory frame ,maybe you are out of quota.

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-4 17:29:26

暗地纯白 发表于 2014-5-4 16:08 static/image/common/back.gif
运行mdrun_d -deffnm npt
之后提示错误：
File input/out error:


这应该是没有储存空间了吧。。。汗

暗地纯白 发表于 2014-5-4 18:37:43

大工-阿里巴巴 发表于 2014-5-4 17:29 static/image/common/back.gif
这应该是没有储存空间了吧。。。汗

你指的是C盘吗？这种需要多大，我的还有20G。

枫叶苏 发表于 2014-6-2 12:47:47

暗地纯白 发表于 2014-5-4 18:37 static/image/common/back.gif
你指的是C盘吗？这种需要多大，我的还有20G。

是指你数据存储的位置。
页: [1]
查看完整版本: 蛋白-蛋白复合物的分子动力学