呵呵Sun
发表于 2014-4-8 14:49:09
感谢楼上各位的热心回复，我最近一直没有来看实在不好意思。借此说说经验吧，可能以后也有人会碰到类似的问题。我遇到的这种多肽的对接用autodock是很难处理了（当然也可能是我的水平问题），我尝试过固定住已知六肽的可旋转键，在此基础上加三个残基，结果就是没法进入到口袋更深的位置了。所以做限制性的对接会好很多，或者共价对接应该也可以。正好我的组里有薛定谔，我就试了一下。两种方法前者可行性高一些，做一些限制使对接准确。但后来因为一些原因这个工作不需要把十二肽都对进去了，只对已知的六肽即可，所以限制对接我就没有试。而共价对接，是把已知六肽作为配体的一部分，对接剩下的六肽，而定义它们直接可以形成共价键。这个当时我在薛定谔中试了，需要强调的一点是对接的六肽要处理，否则薛定谔会把它当做是蛋白，毕竟文件中有残基名称。我后来自己画了一下结构，统一存成一个小分子，就可以做共价对接了，只跑了一次任务后来跑死了，我就没再试。一点经验，希望有用。