ehits对接问题
用ehits对接时 准备活性口袋部位文件时 不是有两种方法吗（1） 复合物中共结晶的配体分子文件: "-clip lig.mol2"
(2)
包含活性位点氨基酸残基原子的文件: "-clip selected_residues.mol2"
用第一种方法时 如果想看一下其对接结果是不是比较精准 以2uvf为例 我是不是可以将晶体中的受体拆分为2uvf.mol2和配体lig.mol2我可以这样操作吧 ehits.sh -ligand lig.mol2 -receptor 2uvf.mol2 -clip lig.mol2 -out result.sdf 这样操作对吧 也就是说lig.mol2是完全一样的一个文件 （当然可以用-complex更简便 ，这里主要是问一下-ligand和-clip后可以是同一个文件吧也就是配体文件吧 ）
用第二种方法时我是不是只把活性中心的氨基酸残基的坐标文件保存成mol2或pdb文件就行啊对于2uvf已知3个活性残基D383，D402 ,D403是不是这样就可以呀 （在附件中）
也不知道怎么的我用第二种方法时总是报错 算不出来 我也不知道是不是我的文件错误 还要问一下 -clip 后的文件一般是mol2型的好呢 还是pdb型的好呢
页:
[1]