liulan_happy 发表于 2014-1-12 20:28:06

SYBYL中做细胞色素氧化酶对接时，亚铁血红素中铁原子优化...

我在SYBYL中做细胞色素氧化酶的对接，其中细胞色素氧化酶中包含的亚铁血红素上含有铁原子，sybyl中貌似没有对铁原子优化的力场参数之类的，有没有人做过相关的研究呢，这个细胞色素氧化酶中的铁原子的力场和电荷该怎样定义呢？望高手指点一下。。

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:31:49

sybyl中的surflex-Dock是使用的原子的极性来间接自动生成分子力场，所以Fe你只需要正确定义原子类型后就可以自动获得Fe的力场了，无需单独的为Fe准备力场。

liulan_happy 发表于 2014-1-13 10:40:12

您好，你的意思是在给蛋白质加电荷时，不需要单独赋予铁原子电荷了吗？可是这个亚铁血红素是受体上单独的一部分，不是跟受体蛋白质连在一起的。而我看了SYBYL中计算电荷时貌似是大分子和小分子分开来计算的，我看了一些用Autodock对接的相关研究，都是单独赋予这个铁原子电荷的。

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 20:46:16

liulan_happy 发表于 2014-1-13 10:40 static/image/common/back.gif
您好，你的意思是在给蛋白质加电荷时，不需要单独赋予铁原子电荷了吗？可是这个亚铁血红素是受体上单独的一 ...

如果你还是不放心，非要添加电荷，你就加上 formal charge 形式电荷也行。
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