川大-小王 发表于 2014-1-10 10:30:36

Gromacs模拟蛋白与对接分子作用中如何保留结晶水分子？

由于我的蛋白中，水分子参与作用，故我认为应该保留有作用的水分子！
在pdb2gmx 中protein 保留了5个水分子
在grompp中显示 电荷为非整数 9.999（一个 note）
在genion中，The solvent group SOL is not continuous: index=5330, index=5400

查google，You have solvent, ligand, thensolventTo use genion (as the program prints out at the prompt) you must have a *continuous* group of solvent in order to embed ions. If you re-arrange the coordinate file and section of the topology, you can achieve this.

也就是水的编号必须是连续的，我就把top 文件中的水编号修改一下，是这样的吗？

有哪位遇到过？

川大-小王 发表于 2014-1-10 11:06:19

问题初步解决，就是要把配体坐标文件放在SOL之前、、、
Protein_chain_B   1
Protein_chain_C   1
azd                  1
SOL               5
SOL         22102
CL               10

川大-小王 发表于 2014-1-10 13:50:27

川大-小王 发表于 2014-1-10 11:06 static/image/common/back.gif
问题初步解决，就是要把配体坐标文件放在SOL之前、、、
Protein_chain_B   1
Protein_chain_C   1


还是有一个问题，对于晶体结构中的水，怎么特殊考虑，按现在步骤做下去，貌似结晶水与溶剂水无法区别，是否ndx索引文件可以区分的开？
我想把蛋白，对接配体，以及结晶水放在一个组，进行温度耦合？

whl2dxl 发表于 2014-1-10 16:11:08

本帖最后由 whl2dxl 于 2014-1-10 16:22 编辑

1、index文件控制，把非结晶水做成另外的一个group，换成其他的名字 例如 SOL1 ， 运行的时候 加上-n index.ndx只替换 SOL1 这个组的
2、结晶水少的话， 先删掉结晶水，替换完成后，再把结晶水的信息拷贝回去

有不正确的地方还请批评指正！
补充一下，问一句，你那样做的话，离子是不是取代了结晶水的位置？
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