魂归绝情剑 发表于 2013-12-31 14:08:15

Glide对接问题

现在在学习用glide进行对接，拿重对接来说吧，是不是在对接前要进行蛋白质和配体的准备，对接出来的结果怎么看啊，还有如何计算对接出的结果和复合物本身构象的RMSD?谢谢

北京-构效 发表于 2013-12-31 21:41:59

在glide panel中选中计算RMSD选项，同时选中reference conformation就可以计算RMSD了

魂归绝情剑 发表于 2014-1-2 13:20:03

北京-构效 发表于 2013-12-31 21:41 static/image/common/back.gif
在glide panel中选中计算RMSD选项，同时选中reference conformation就可以计算RMSD了

glide panel在哪，我是初学者，不太明白哎，能说的具体点吧，拜谢

北京-构效 发表于 2014-1-2 17:02:31

glide-----ligand docking------core---use for rmsd---------
output--------compute rmsd

魂归绝情剑 发表于 2014-1-2 21:24:57

北京-构效 发表于 2014-1-2 17:02 static/image/common/back.gif
glide-----ligand docking------core---use for rmsd---------
output--------compute rmsd

谢谢谢谢，按你说的我操作了，但算出来的rmsd在哪看啊？

陌仟 发表于 2014-4-18 14:26:15

魂归绝情剑 发表于 2014-1-2 21:24 static/image/common/back.gif
谢谢谢谢，按你说的我操作了，但算出来的rmsd在哪看啊？

哥们，现在会Glide 了吧，我想问下Glide 有这样的对小分子所有的构象进行基于RMSD 的聚类分析么
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